1、街道办事处审核。街道办事处查验相关证明材料，审查申请人户籍、收入、住房面积等是否符合申请资格，并组织人员到申请家庭进行入户调查。经调查核实，对符合条件的，在申请人及共同申请人户籍所在地、实际居住地和现工作单位公示7日。公示无异议的，街道办事处加盖公章后，将相关申请档案报送区民政部门。
2、区民政部门审核。区民政部门核实申请人及共同申请人家庭收入、婚姻等情况，提出申请家庭是否属于低收入家庭的意见。经审核符合条件的，加盖公章后，将申请档案和有关审核材料报送区房管部门。这期间需要的工作时间一般为2个月，并且是不收取任何费用的。
3、区房管部门审核发证。区房管部门核实申请家庭的住房状况，提出申请家庭是否属于住房困难家庭的意见。经审核符合条件的，在区人民政府政务网站和有关媒体上公示7日。公示无异议的，区房管部门发放《南京市城镇居民购买经济适用住房资格证明》。